南京地质古生物研究所是直属于中国科学院的我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机，也是一个全球公认的古生物学与地层学研究中心、标本收藏与展示中心、信息与数据中心和人才培养基地，其前身为成立于1951年的前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)。南京地质古生物研究所作为中国科学院首批知识创新工程试点单位，以及首批“创新2020”整体择优支持的研究所，旨在充分利用我国古生物与地层资源的特色，本所人才和学术优势，联合其他学科和单位，开展古生物学和地层学基础研究和应用基础研究，以我为主，积极参与国际合作与竞争，力争在古生物学和生物地层学前沿领域，以及全球重大地质学和古生物学理论探讨中，做出若干独创性和有重大国际影响的创新成果，致力于为我国地层古生物学的发展，为全民科学普及，国民经济建设和社会发展，以及国家知识创新体系建设做出更大的贡献。